בכ"ט בנובמבר 1947 ישבו כל חברי הקבוצה בחדר האוכל לשמוע מה תהיה ההחלטה בעצרת האו"ם על עתידה של "ארץ ישראל". האם יוחלט על חלוקת הארץ ועל הקמת מדינה יהודית. גלי הרדיו הביאו את הבשורה לאחר חצות: 33 מדינות הצביעו בעד, 13 מדינות נגד, 10 מדינות נמנעו. הציבור נהר לחדר האוכל, כולם פרצו בריקוד "הורה" ספונטני וסוער שנמשך עד אור הבוקר.
למחרת התברר, שגבול המדינה היהודית העתידית אמור לעבור ממש ליד הגדר של הקיבוץ, מול אל-מג'ידל ונצרת. גבת נידונה להיות ישוב ספר. למרות זאת השמחה היתה רבה.
הערבים לא קיבלו את החלטת האו"ם. שלוש שנים לאחר שחרור מחנות ההשמדה הגרמניים, עורר ידידו ורעו של היטלר, מנהיג ערביי ארץ ישראל – המופתי הירושלמי – מוחמד אמין אל-חוסייני, את כל הערבים להשמיד את שארית הפליטה. הגרמנים, חשב המופתי בסיפוק, כמעט והגשימו את חלומי. לא נשארו מספיק יהודים שיוכלו להקים מדינה. המופתי חישב בדקדקנות: הגרמנים איבדו רק 8-10 אחוז והיהודים 30% הגיע הזמן להשלים את המלאכה! מוחמד אל חוסייני אירגן את הערבים למלחמה. הוא נתן הוראה לסגנו חסן סלאמה (זה שהוצנח בשליחות הנאצים להרעיל את מקורות המים של היהודים) להתחיל לפעול. יום לאחר החלטת האו"ם ב- 30 בנובמבר 1947 בשעה 8:12 חסן סלאמה הוציא לפועל התקפה על אוטובוס 2094 שנסע מנתניה לירושלים. נהרגו חמישה יהודים. התקפה זו פתחה את "מלחמת השחרור". "מלחמת השחרור" הביאה לשחרור העם היהודי משלטון זר ושחרור חלק מארץ ישראל מכיבוש ערבי. בינתיים החלו כנופיות ערביות מקומיות במלחמה עיקשת נגד היהודים בכל אזורי הארץ.
באותו יום, 30 בנובמבר 1947, נפל גם ההרוג היהודי הראשון, בתל אביב. סוחר תל אביבי שנרצח ברחוב סלאמה ביפו. הערבים החלו במתקפה על יהודי יפו ועל העיר תל אביב. העיר יפו היתה עיר מעורבת ערבית יהודית. היהודים היוו כארבעים אחוז מאוכלוסייתה. פורעים ערבים החלו לפעול כנגד היהודים. צלפים ערבים התמקמו על מסגד חסן בק וירו על האזרחים היהודים. נהרגו עשרות אזרחים יהודים. אלפי יהודי יפו נאלצו להימלט על נפשם לתל אביב. הפליטים הראשונים במלחמה, היו פליטים יהודים מיפו. החלה בעיית הפליטים.
 
מיד עם פרוץ המלחמה נפתחו בגבת כל הסליקים הרבים בהם נאסף נשק מזה שנים. הנשק חולק לחברי המשק ולהכשרות הפלמ"ח שיצאו ממנו לקרבות ההגנה. בגבול המשק נבנה מבנה מבטון מזויין. עמדה עגולה עם מגדל, וחרכי ירי. מסביב נחפרו תעלות קשר. את המתחם כינו "יאמינגרד" על שם יאמין המא"ז.
ילדי בית-הספר חפרו תעלות ליד בתי-המגורים למחסה בפני הפצצות, ובין החופרים היה גם גרשון ישראלי בן ה-12. עם כל אזעקה לקחו ארקה ויינר-ישראלי ובנו גרשון את המשוררת פניה ברגשטיין החולה והרתוקה למיטתה, והורידו אותה לתעלה שעל-יד הבית. מיד כשהעלו אותה בחזרה חזר ארקה לכתיבת ספרו – "היהודים בדורותינו".
בראשית ימי מלחמת העצמאות התחילה בעיית "עריקים", בהיפוכו של המושג. האסיפה, המועצה, המזכירות – כולם דנו בשאלת ה"עריקים". הבנים שיצאו לצבא שלא על דעת המשק ומוסדותיו. "ערקו" חמישה, שישי הוא "חצי-עריק" וכנראה שהשביעי אורז את חפציו.
מהר מאוד הגיע מחיר המלחמה גם לגבת. ב-8 דצמבר 1947, בשעה חמש אחרי הצהריים, נהג בצלאל שוורצטוך במשאית של גבת מחיפה בדרכו הביתה. ממש ליד כפר בלד א-שייך, שם נקבר עז א-דין אל-קאסם – השיח' הסורי שהצית את אש הרצח ביהודים, וב-1933 רצח את משפחת יעקובי בנהלל – שמו הערבים מארב. המכונית נעצרה על ידי מחסום. בצלאל ניסה לעקוף את המחסום והמשאית התהפכה. הפורעים הערבים רגמו אותה באבנים, התנפלו על המכונית, ודקרו את הנהג בסכינים. את המכונית העלו באש. בתשע בערב חזרו והעבירו את גופתו לבית חולים רוטשילד בחיפה. בצלאל שורצטוך – נהג המשאית של הקבוצה, היה החלל הראשון של גבת במלחמת השחרור. בצלאל בן 35, חייל משוחרר מהצבא הבריטי, הניח אישה, בן ובת.
לעזרת הכנופיות הערביות המקומיות הגיע תגבור ממדינות ערב. "צבא ההצלה הערבי" (ג'יש אל אינקאז) אורגן מחוץ לגבולות ארץ ישראל, ונשלח על-ידי הליגה הערבית להרוג ביהודים ולמנוע מהם את הקמת מדינתם. "צבא ההצלה" בפיקוד הלבנוני פאוזי אל-קאוקג'י. תקף ב-4 באפריל 1948 את קיבוץ משמר העמק וצר עליו. מטרת קאוקג'י בהתקפה היתה לכבוש את הקיבוץ ולחבור לכוחות הערבים בחיפה. המערכה נמשכה עשרה ימים. בהתקפותיו השתמש קאוקג'י בתותחים שהפגיזו את הקיבוץ. בגבת נשמעו היטב רעשי הפגזים. חברי ההכשרה המגויסת, אנשי הפלמ"ח, ובני גבת בני ה-17 שהתגייסו והעמידו עצמם לרשות ה"הגנה", התכנסו ב"בית הרשל", הצטיידו בנשק מהסליקים ויצאו לעזרת משמר העמק.
מהקרב על משמר העמק לא חזרו שני לוחמי הפלמ"ח מקבוצת ההכשרה של "מקווה ישראל" בגבת: ישעיהו שוסטרמן, ניצול שואה שלחם בתפקיד רץ-קשר, נפגע מפגז ונהרג. עמירם אוברפירסט שרק חזר לגבת ממשימה אחרת, ונשלח להדוף את צבאו של קאוקג'י. עמירם נפצע, רץ לקבל עזרה רפואית, וצלף ירה בו והרגו. כך נפלו עמירם וישעיהו חברי אותה הכשרה באותו יום – 13.4.1948. רעמי התותחים וההתפוצצויות עדיין פילחו את הדומייה רוויית המכאוב, כאשר עמדו החברים בגבת בעת ההלוויה ליד הקבר הפתוח של השניים.
לאחר מפלותיו במשמר העמק וברמת יוחנן, ניסה עוד "צבא ההצלה" של קאוקג'י לתקוף ולחדור לנצרת, אך גם משם נהדף, וישובי העמק נשמו סוף-סוף לרווחה.
 
ביום שישי, ה' באייר תש"ח, ה-14 במאי 1948, ערב ה-15 במאי שבו, על פי החלטת עצרת האו"ם, הסתיים המנדט הבריטי על ארץ ישראל, הכריז דוד בן-גוריון על הקמת "מדינת ישראל". מיד לאחר יציאת הבריטים, הכריזו שבע מדינות ערב: מצרים, סוריה, עבר-הירדן, לבנון, עיראק, תימן, וערב-הסעודית – מלחמה על המדינה שזה עתה קמה. למחרת החלו צבאות ערב לפלוש למדינת ישראל הצעירה. מטרת הפלישה הוכרזה בבירור רב על-ידי עזאם פאשה, מזכ"ל הליגה הערבית: "זאת תהיה מלחמת השמד וטבח רבי חשיבות, שעוד ידובר בהם כמו בטבח שהמונגולים והצלבנים ביצעו..." במהרה הגיע צבא הכיבוש המצרי עד שלושים ק"מ מתל אביב. צבא הכיבוש הסורי נכנס לעמק הירדן ואיים על דגניה, צבא הכיבוש העבר-ירדני כבש את יישובי גוש עציון ואת העיר העתיקה בירושלים.
ערביי הסביבה החלו לתקוף את היישובים היהודיים בעמק יזרעאל. הם החלו לצלוף על כביש חיפה-עפולה. כדי לחסום את התחבורה היהודית. מרכז ההתקפות באזור היה הכפר הערבי הגדול מעל גבת בשיפולי גבעות הגליל התחתון – אל-מג'ידל. בבוסתן של עצי פרי, מול קיבוץ שריד, הוקמה עמדה ערוכה להגנה מול התקפות ערביי אל-מג'ידל. סידור העבודה של גבת סידר בכל יום מספר חברים שהשתתפו בהגנה. באחד הימים לפנות בוקר יצא לעמדה הזאת אהרון בלנדר. בעברו את הכביש נפגע ונהרג מפגיעת צלף ערבי. השאיר אלמנה ושני ילדים.
החברים המשיכו בתורנות לאייש את העמדה מול ההתקפות החוזרות ונשנות מצד הערבים מאל-מג'ידל. באחת המשמרות נקבע כי על שלושה חברים לצאת לעמדה – בנימין שוהם, אברהם כנעני וזיסקינד. האחרון סירב לקבל את ההוראה. עקב כך הוחלט מיידית באסיפה להוציאו מחברות בקבוצה.
העמדה אוישה תמידית. בתחילה היה זה "משחק די מגוחך" – כל אימת שמישהו התרומם לקטוף שזיף מעצי הבוסתן – הגיע ירי של כדורים. הערבים היו במרחק לא רב מהעמדה. כל ירי שבא מידם נענה בירי מהרובים שבידי חברי הקבוצה. תוך כדי חילופי היריות למד אברהם קרמראז'-כנעני להפעיל את מכונת הירייה, שעמדה לרשות השומרים בתוך העמדה. כעבור מיספר שעות נראה היה שהמצב נעשה יותר רציני, הערבים ירדו מגבעת הכפר והתקדמו בהמוניהם לקראת העמדה. חילופי היריות נמשכו משעות הבוקר עד השעה שתיים אחרי הצהריים. המצב נראה קשה, אבל אז באה הישועה. לפתע התחיל לעוף מעבר לראשי הלוחמים בעמדה ברד של פגזים מכוונים אל מקומות הירי הערביים ולעמדותיהם. היתה זאת אש מרגמה שהוצבה על בריכת המים של שריד. לאחר חצי שעה של ירי המרגמה החלה בריחה המונית של הערבים מהכפר אל-מג'ידל. הירי פסק. לא היה יותר צורך בירי. ערביי אל-מג'ידל בחרו בדרך בה הלכו לפניהם ערביי חיפה, יפו, טבריה וצפת. על פי הוראת מנהיגיהם הם בחרו לא להסתכן, נאמר להם ברורות כי הנה מגיע הצבא הערבי ומנצח את היהודים והם יקבלו את אדמותיהם, כפריהם, בתיהם, ונשיהם, בדיוק כפי שהצליח הנביא מוחמד במלחמתו ביהודים. וכך סולק האיום הישיר על גבת על ביטחון ישובי האזור כולו.
 
עול המלחמה הממשי נישא מעתה על-ידי הדור השני של הקבוצה. עם תחילת המלחמה השתתפו גם בנות המשק בשמירה על המקום. זיווה, בתם של מייטה ויהונתן נתן, העדיפה יותר את עבודתה בהדרכה. היא היטיבה לשיר, ולנגן, והשתתפה בריקודים בכל חג ומועד. לאחר ערב אחד של שמירה במשק, כשקיבלה צו גיוס, רשמה במכתב את הרהורי ליבה על המלחמה: "משום מה זו הפלדה בידי, וראשי נשען עליה בלא אומר, כמתוך צו נעלם? לא לי לא לך צו זה, לא לנו אשר אש אחרת בוערת בעינינו."
היא קיבלה את הצו והתגייסה לצה"ל, איתה יחד התגייסה רותי רבינוב בתם של ברכקה רבינוב והמשורר יהושע רבינוב. זיווה התגייסה לחי"ש, רותי התגייסה לגולני גדוד דרור (14). שתיהן נשלחו לקורס אלחוטאיות.
ב-24.3.48 נפגשו שתי הבנות בכפר תבור. הודיעו להן שהן צריכות לחזור הביתה. הן עמדו ליד כביש היציאה וחיכו לטרמפ. עמוס ברנדשטטר-מוקדי מיבנאל, עבר שם ברכבו. הוא זיהה את רותי. אביה של רותי – יהושע רבינוב, עבד אצלם בחווה ביבנאל כשעלה לארץ. הוא מיד הציע להם הסעה: "בעוד עשרים דקות אני יוצא מכאן ולוקח אתכן אקספרס לעפולה. תבטיחו לי שאתן מחכות לי. אל תזוזו! אני מוריד כדי חלב ביבנאל וחוזר."
כשחזר לצומת, התברר לו שהן כבר אינן. מן הסתם תפסו טרמפ, חשב.
הן עלו על משאית של עופות. וישבו בחלקה האחורי. המשאית הגיעה לאזור כפר שיבלי. הגשר על הוואדי פוצץ ע"י כנופיות קאוקג'י. כדי לעבור היה הכרח לעבור במי הוואדי, המכונית נכנסה פנימה. המים חדרו למנוע והוא כבה. המכונית נעצרה, ואז החלו הפורעים הערבים לירות עליהם מהמארב. הנהג הערבי נכנס מיד אל מתחת לרכב. הבנות ניסו למלט את עצמן ונהרגו במקום. אדם מבוגר שישב ליד הנהג – אהרון שוחט מחיפה, נהרג גם הוא. לאחר שהחשיך הגיע נהג המשאית לדברת והזעיק משם עזרה. כוח שהוזעק התקשה לחלץ את הגופות בגלל הירי.
יעקב דרור, מפקד גדוד 14, ראה משוריין ועליו צעירים שבאו מעמק הירדן, הוא הזעיק אותם והם התנדבו לחלץ תחת אש את הגופות מהשטח. ליד הרכב הם מצאו בת יפהפיה ללא רוח חיים, והבת השנייה היתה במרחק גדול יותר, כנראה ניסתה לברוח.
מיד לאחר מכן נערכה פעולת תגמול ובתי הבדואים בסביבת הגשר נהרסו והם ברחו לדבוריה. כוחות "ההגנה" תפסו במקום משלטים להבטחת התנועה בכביש.
עשרה ימים נמשכו הקרבות באזור הגליל התחתון. כל הכפרים הערבים נכנעו. לעמוס מוקדי הציק המצפון. אולי בכל זאת הוא היה צריך לקחת את הבנות טרמפ ולא להשאיר אותן לחכות בשער יבנאל.
הוא החל להתעניין במבצעי הרצח. היו לו חברים רבים מהכפרים הערבים באזור שסיפרו לו שהרוצח הינו בדווי משבט שיבלי לרגלי התבור. הבחור עובד בסביבה מסרו לו. עמוס אסף כמה חברים, הגיע ואמר לו: "בוא הנה."
הלה הבין. היה פיקח. עמוס גירש מעליו את אשתו שעמדה לצידו, ושאל אותו: "תגיד לי, אתה הרגת את שתי הילדות האלה יומיים לאחר פיצוץ הגשר?"
הלה רעד כולו... ידע לאן הוא הולך. "נכון, אבל לא הייתי לבד," ענה.
"לא מעניין אותי מי עוד היה. אני שואל אותך היית או לא היית?" דחק בו מוקדי.
"הייתי," ענה לו.
עמוס העמיד אותו ליד הקיר – לפי כל החוקים, ונתן לו את הכדור הראשון, וכל אחד מהבחורים הוסיף. אחרי שהוא נפל הם פוצצו את הבית עליו, ושרפו אותו. לאנשי שיבלי אמר: "אם מישהו ישאל עליו או ידבר על המקרה הזה, הבית שלו יהיה כמו הבית הזה."
ערבי נוסף, סעיד חסן דובי, מהכנופיה שהרגה את הבנות, נעצר בידי משטרת נצרת ונכלא למשך שנים רבות.
שתי הבנות הובאו לקבורה בגבת ונקברו בקבר אחד. חיים גבתי קרא על הקבר את "יזכור" של ברל כצנלסון. לא נשאו הספדים. שתיהן היו בנות 19.
 
הנערים בכיתות הגבוהות הצטרפו גם הם למאמץ המלחמתי. עמוס ויגודסקי נשלח עוד קודם לכן כנער לגדנ"ע לקורס מ"כ לחודשיים. כשהחלה המלחמה הוא הצטרף יחד עם אחדים מחברי המשק לפלוגת-המשמר המקומית. תפקיד זה הוציא את הנערים מן הלימודים והם השתתפו יותר ויותר בפעולות הקרביות של הסביבה. עמוס השתתף בפיצוץ גשרים, בליווי שיירות ובפעולות ההגנה על משמר העמק וכיבוש יישובי הטמפלרים - בית-לחם, וואלדהיים.
המתיישבים הגרמנים-טמפלרים הפכו נאצים. עם פרוץ מלחמת העולם השנייה ריכזו אותם הבריטים במחנות מעצר כאזרחי אויב מחשש שיהוו גיס חמישי. המושבות החקלאיות שרונה, ולדהיים, וילהלמה ובית לחם הגלילית, הפכו למחנות הסגר. משם גירשו הבריטים את מרביתם לאוסטרליה. תמורת חלק מהם הוחזרו לארץ יהודים בעלי נתינות ארץ-ישראלית ששהו במחנות ריכוז גרמניים באירופה. רכושם של הטמפלרים, לרבות המקרקעין רבי הערך של מושבותיהם, הועברו לניהול "האפוטרופוס על נכסי האוייב".
ב-17 באפריל 1948 כבשו כוחות ה"הגנה" את המושבות ולדהיים ובית לחם הגלילית. אחרוני הגרמנים שנותרו במושבות הטמפלרים נאספו וגורשו מהארץ, תחילה לקפריסין ואחר כך הצטרפו לקרוביהם באוסטרליה.
איך שהשתלטה הפלוגה של בני העמק על מושבות הטמפלרים – ולדהיים ובית לחם הגלילית, תפסו המושבניקים שבפלוגה מכל הבא ליד; מכונות, כלי משק, מטבחים ורהיטים. הקיבוצניקים מגבת ישבו בצד בשקט. בשלב מסוים הרגישו המפקדים שזה לא כל כך בסדר, ואמרו לחבר'ה מגבת; "יש פה איזה הרמוניום שתוכלו לקחת... תרבות זה מתאים לקיבוץ."
לקחו הגבתים את ההרמוניום, אבל החליטו להערים על המושבניקים. במקום נמצאה ספריית תקליטים מכל המינים, אולי מאתיים ויותר. לקחו מהם ארבעה תקליטים, הסתירו מהר בתוך ההרמוניום וכיסו הכל בבד יוטה. איך שגמרו לארוז עבר שם ביניה אלקנה, המפקד מנהלל, ואמר להם: "חבר'ה, יש פה גם ספריית תקליטים, אולי מאות, תיקחו את הכול, את זה המושבניקים לא צריכים..."
ביומן המשק, במאי 1948 כתבה תמר: "הבנים בחזית. הבנים בקרב. כה פשוטות לכאורה המילים, וכמה צפון בהם. וקשה להאמין עדיין ולהתרגל למחשבה שאכן חיילים הם, הן כל כך צעירים הם, 'פשוט ילדים'. ולפתע מופיעים הם ועל פניהם מבע חדש – התבגרו בין לילה. והאם אפשר לעטרם זרים ולפארם בדברי גבורה? כה צורם ייראה זה לעומת הפשטות והמובן מאליו שבו הם הולכים ובו הם עושים את מלאכתם. ולא פשטות מתוך הרגל, אלא מתוך הכרה שאין ברירה."
ההכרח של "אין ברירה" – הוא שהצית את הלבבות, ויצר את הנכונות להיאבק ולנצח.
 
בחצות הלילה מיד לאחר ההכרזה על הקמת המדינה ב-15 במאי, פלש צבא הכיבוש הסורי לעמק הירדן. יומיים הסורים רק הפגיזו והפציצו, וביום השלישי ב-18 במאי, הצליחו להתקדם ולכבוש את מסדה ושער-הגולן. החיילים הסורים והעבר-ירדנים נכנסו לבתי הקיבוצים ובזזו את הכל. למרבה המזל ילדים, נשים, וכל מי שאינו מסוגל להשתתף בלחימה – הוצאו לפני כן מהמקום. ילדי קיבוץ עין גב פונו לגבת ונתקבלו באהבה ובלב פתוח.
משה דיין עמד בראש יחידת סיור שחשה לעזרת ישובי עמק הירדן. מפקדת הכוח הסורי היתה בצמח וכללה חטיבת רגלים מתוגברת בטנקים, משוריינים וארטילריה. מפעם לפעם סייעו להם גם מטוסים. לכוח הישראלי היו בקבוקי מולוטוב, קצת פיאטים, נשק קל, והרבה מסירות. בודדים וקבוצות הוסיפו להגיע מעמק יזרעאל. מטבריה. מיבנאל. לעזור לדגניות. עמוס ויגודסקי, ויוסף פינסקי, שהיה בכיתה י"א, אורי שהם וחבריהם לכיתה, יצאו מיד מגבת לעזרת המגינים בעמק הירדן. בהסתר הם התגנבו מהמשק, מפחדים שמא יאמין המא"ז, יתפסם ולא יאשר את יציאתם.
פלוגה מ"יפתח" יצאה לנסות ולכבוש בחזרה את משטרת צמח; לאחר חצות חזרה בלי הצלחה. לא נותר אלא להיערך להגנה. היישובים שסמכו על קו ההגנה שבצמח לא התחפרו כראוי.
אור ליום חמישי 20 במאי ב-4:15 בבוקר פתחו הסורים בהרעשת ארטילריה ומרגמות וכעבור חצי שעה החלה התקדמות כוח משוריין מלווה חיל-רגלים. הסורים תקפו את דגניה א' ואת דגניה ב'. את ההתקפה ליוו הסורים גם בהפצצה מן האוויר. הסורים התקדמו ככתוב בספרים – טנקים וסביבם חיל רגלים. הטנקים הסוריים הגיעו עד לגדרות הדגניות. הטנק שפרץ בראש הטור חדר לחצר דגניה א', נפגע בפגז "פיאט" והושמד באמצעות בקבוק מולוטוב. שאר הטנקים סבו לאחור וחזרו לסוריה. נשאר גדוד סורי במסדה ושער הגולן, והקרב נמשך עד שהסורים חזרו לסוריה. עמק הירדן ניצל.
במהלך הלחימה נפצע עמוס ויגודסקי בידו מרסיסי פגז. לאחר ששהה כמה ימים בבית-החולים נשלח לביתו בגבת לשם החלמה, אך באותו זמן התגייסו בני המשק לפלוגת הג'יפים של משה דיין. כדי שלא להחמיץ את האפשרות ללכת עם חבריו לשירות זה הצטרף מיד ליחידה החדשה עוד בטרם החלים לגמרי. יוסף פינסקי גם הוא הצטרף לגדוד הקומנדו של משה דיין.
 
אליעזר שושני חבר המשק, ששימש כגזבר הפלמ"ח, ישב במטה הפלמ"ח בתל אביב. לאחר שקמה המדינה והוקם צה"ל, שולבו אנשי הפלמ"ח ביחידות הצבא הסדיר והפלמ"ח חדל להתקיים. הקמת צבא אחד של המדינה הריבונית היה תהליך קשה וממושך. מקבלת ההחלטה המוסמכת של הממשלה ועד למימוש ההחלטה עברו שבעה חודשים (מאי-נובמבר 1948). היו אלה חודשים קשים לאליעזר שושני, שחלק על בן-גוריון בשאלת העיתוי ואופן הביצוע. לדעתו, בן-גוריון הזדרז יתר על המידה לפרק את הפלמ"ח. היה עליו להקים את הצבא החדש על בסיס ה"הגנה" הקיימת ועל החלק המגויס בה – הפלמ"ח.
בן-גוריון העדיף להקים את צה"ל ולהשתית אותו על יוצאי הבריגדה, שנראו לו מתאימים יותר. הפטרון של הפלמ"ח היה "קיבוץ המאוחד", בעוד מפא"י העדיפה את הבריגדה. יחסו של בן-גוריון כלפי הפלמ"ח היה יחס של "כבדהו וחשדהו".
כאשר בן-גוריון שקד על הקמת צה"ל חשוב היה לו לפרק את הארגונים הפורשים (אצ"ל ולח"י) בשל הסכנה הגלומה בקיומם; וכדי שלא ייחשד במשוא פנים החליט לפרק את הצבאות הנפרדים למרות שלא נעלם ממנו, שמעשית מטה הפלמ"ח אינו קיים יותר; אנשיו, כולל יגאל אלון, פיקדו על יחידות צה"ל והתמזגו בהדרגה עם המציאות החדשה, ומטה הפלמ"ח התפרק מעצמו.
אליעזר ניסה במפגשיו עם יעקב דורי הרמטכ"ל, ועם בן-גוריון, להשפיע עליהם שלא יזדרזו במלאכת הפירוק. "אליעזר היה הקונסול שלנו, אמר יצחק רבין, "אצל אלה שלא היו בין מחוללי הפלמ"ח ואוהדיו. ידענו," הוסיף רבין, "שאליעזר יילחם בכל כוחו על הדברים החיוביים של הפלמ"ח, גם אם הם יביאו לעימותים מבן- גוריון ומטה."
ב-31 מאי פרסם דוד בן גוריון ראש הממשלה ושר הביטחון, פקודת יום להקמת צה"ל. על-פי פקודת ההקמה של צה"ל – "צבא ההגנה לישראל", נאסר קיומו של כל ארגון צבאי נפרד; ובהתאם לכך חתם גם מנחם בגין, מפקד "הארגון הצבאי הלאומי" (אצ"ל), ב-1 ביוני, על הסכם שלפיו מתפרק הארגון מרצון ומוסר את נשקו לצה"ל, וחייליו ישרתו במסגרת חטיבות צה"ל. הדבר בוצע. אך בגין לא כיבד את חתימתו, פעולות ארגונו לא פסקה. בגין הבריח באופן פיראטי מצרפת אונייה בשם "אלטלנה", שהפליגה ארצה מדרום צרפת, ובה כ-900 איש, וכמות ניכרת של נשק. בגין סירב למסור את הנשק לצה"ל. האנייה עגנה בחוף כפר ויתקין והוחל בפריקת הנשק על-ידי אצ"ל. ב-20 ביוני הורתה הממשלה למטכ"ל לרכז כוח לפעולה נגד האנייה. כיוון שהפריקה נמשכה והאולטימטום של צה"ל לקבל את הנשק נדחה, בגין נתן הוראה לתומכיו לערוק מצה"ל ולהילחם עבורו נגד חיילי צה"ל. פרצו התנגשויות דמים. תחילה בחוף כפר ויתקין, ואחר-כך על שפת ימה של תל-אביב, לשם הגיעה האונייה.
 
בבוקר ה-21 ביוני נמצא אליעזר שושני כרגיל במטה הפלמ"ח במלון ריץ, על חוף הים בתל אביב. מאז הבוקר היה המטה נתון להתקפה של אנשי אצ"ל, שהגיעו לחוף בסירה וירו בכלי נשק ממחסן האונייה. במטה הפלמ"ח היו רק שלושה אנשים: אליעזר, אורי ברנר – סגן מפקד הפלמ"ח, ויצחק רבין, שעסק בהכנות למבצע "יורם" והזדמן לשם במקרה.
"בשלב מסוים בלחימה," ביקש אליהו לנקין, מפקד אלטלנה, להיפגש. הוא הגיע בשחייה, מצויד בדגל לבן. הוא הציע להפסיק את הלחימה, אבל לא הסכים לתנאי בן-גוריון, כלומר למסור את הנשק. אליעזר ניסה לשכנע אותו שבמדינה ריבונית לא ייתכן שיהיו צבאות נפרדים, ושהבאת נשק עבור אצ"ל היא מעשה בלתי חוקי, ושיש לקבל את מרות הממשלה וצה"ל, אך ללא הועיל.
המפקד חזר לאנייתו והלחימה נמשכה. מדי פעם היו הפוגות בלחימה. "כאשר רבין ועמוס חורב ראו שהמצב הולך ומחמיר," הצטיידו במיספר רימונים, עלו לגג וזרקו אותם על התוקפים, שהיו במרחק של לא יותר מעשרה מטרים. זה הביא לרגיעה.
כשירדו מהגג אמר לו אליעזר: "אני בטוח שהיה לך קשה לעשות את זה. ובכל זאת טוב שעשית."
האש נמשכה לסירוגין עד שלוש אחר-הצהריים, אז הופצצה האונייה מתותח שהוצב ב"מחנה יונה" ליד רחוב הירקון. יחידת פלמ"ח הגיעה כתגבורת למלון ריץ, ורק אז אנשי מטה הפלמ"ח שהיו נצורים מאז הבוקר, ביניהם שושני – חולצו בשלום."
הקטע מ"בבוקר ה-21 ביוני" ועד כאן – נלקח מספר הזיכרונות שהוציא אליעזר שושני שהיה בעת ההיא חבר גבת וגזבר הפלמ"ח, "בכלים שלובים", סיפור חייהם של דבורה ואליעזר שושני, הוצאת קורות, 1993, עמ' 63.
 
בבוקר ה-22 ביוני הורה בן גוריון לעשות את כל הצעדים הדרושים כדי להביא את האונייה לכניעה ללא-תנאי.
בעקבות הוראה זאת הפעיל צה"ל את כוחותיו, כולל ירי בתותח-שדה על האונייה, שגרם להצתתה ונטישתה. בעימות בין צה"ל לאצ"ל נפלו 3 שלושה חיילי צה"ל, ו-16 חיילי אצ"ל, רובם עריקים מצה"ל. ה"תותח הקדוש" הזה, כפי שבן גוריון כינה אותו, הוא שקיים את הריבונות של ממשלת ישראל החוקית, בעצם ימי המלחמה המרה עם צבאות האוייב, והוא שאיפשר את הניצחון במלחמה. בכל מדינה בעולם, גם דמוקרטית, כל אדם המבצע פוטש מזויין נגד ממשלה חוקית בזמן מלחמה, היה מועמד מיידית אל הקיר. בן גוריון החליט שלא לעשות כך לבגין. בן גוריון מנע מלחמת אזרחים שאותה התחיל בגין.
 
ל"גדוד הפשיטה הממוכן" שהקים דיין, ניתן המיספר 89. הוא היווה חלק מהחטיבה המשוריינת של יצחק שדה. הגדוד אמור היה להיות דומה ליחידות הפשיטה לעומק המידבר, שהפעילו הבריטים במלחמת-העולם השנייה, ו"צבאו הפרטי של פופסקי". כמובן בהיקף קטן. ביחידה נוצרו ארבע קבוצות: בני משקים, תל-אביביים, אנשי לח"י ויחידת מח"ל, כל אחת מן הקבוצות האלו הביאה תוספת אנשים בתוקף חברות והיכרות אישית, הנהללים הביאו עוד נהללים, אליהם הצטרפו יבנאלים, וחברים מקיבוץ גבת וממשקים אחרים, בעיקר מעמק יזרעאל, התל-אביביים, גייסו את חבריהם; ומפקד פלוגת, הלח"י, "דב הבלונדי" (יעקב גרנק), הזעיק מכל קצות הארץ את אנשיו. בסיס הגדוד היה במחנה תל-ליטווינבסקי (תל-השומר).
הגדוד פרץ בכלי רכב לתוך לוד ואחר-כך המשיך לרמלה וחזר לבן-שמן. הפריצה הפתיעה את האויב, אך בקרבות שניהל הגדוד עם כוחות האויב בעמדותיהם נהרגו 9 , ו-17 נפצעו ורבים מכלי הרכב ניזוקו. לא עלה בידי הגדוד לכבוש את העיר ולהיאחז בה, אך פריצתו לתוכה גרמה להלם זמני בקרב הלוחמים הערביים בחלק הדרומי של לוד.
בעת כיבוש משטרת לוד, ב-10 ביולי 1948 נפצע עמוס ויגודסקי קשה ברגלו, סמוך לבטנו, בהיעדר חובש מוסמך במקום חבשוהו חבריו לפי הוראותיו לאחר שהוא עצמו עבר קורס "עזרה ראשונה". במצב קשה הובל לבן שמן, ושם נפטר מאיבוד דם. 11.7.1948 הובא למנוחת- עולמים בבית-הקברות בגבת. בן 19.
יוסף פינסקי המשיך את הלחימה. בבוקר ה-12.7 הושלמה פריסת הגדוד השלישי בלוד, עיר שהתגוררו בה 35 אלף תושבים: עדיין נמשכה התנגדות של כ-70 חיילי הלגיון הערבי מצפון למשטרה. כל עוד נמשכה הלחימה מבניין המשטרה, לא היתה כניעת אנשי העיר שלמה. לפתע, בשעה 11:30 פרצו לעיר שלוש שיריוניות של הלגיון ובמשך 30 דקות ירו תוך כדי תנועה על אנשי הפלמ"ח. הפריצה הציתה התקוממות של התושבים, שהחלו להפעיל נשק מתוך הבתים וברחובות. ההתקוממות דוכאה ביד קשה, שגרמה לכ-250 הרוגים ערבים.
בליל 13.7 חילץ מפקד המשטרה בחשאי את אנשיו ללא נפגעים, בעיקר הודות לכך שהכוח שצר על המשטרה, הותיר בכיוון אחד פתח שממנו יוכלו הערבים לסגת. בליל 13.7 פנו ראשי הציבור הערבי בבקשה לאפשר להם לצאת מהעיר לוד וללכת מזרחה, לעבר השטח שבשליטת הירדנים. ממטה המבצע הגיעו הוראות מפורטות לגבי האוכלוסייה הערבית: לאפשר את יציאתם, אך לא להכריחם; לבצע חיפושים ללא ונדליזם ולמנוע שוד וביזה. היה חשש מהתפרצות של התנגדות נוספת, מכך שלא יצליחו להשתלט על ההמונים, ומהאפשרות שהלגיון יחל בהתקפת-נגד, עם תושבי הערים שייגררו לפעול יחד עימו. החלה יציאה המונית מלוד ומרמלה. לרשות היוצאים הועמדו משאיות, שהעבירו אותם לתחום שליטת הלגיון ומשם לרמאללה.
במסגרת המלחמה הקשה התגייס יודקה הלמן בן ה-41 לפלמ"ח. תפקידו היה קומיסר-קצין-תרבות של חטיבת "יפתח". מקור המושג 'פוליטרוק' הוא בצבא-האדום הסובייטי. על ה'פוליטרוקים', קומיסרים פוליטיים שהיו מוצבים בכל יחידה, הוטלו החינוך האידיאולוגי והאינדוקטרינציה. מעמדם היה בכיר יותר משל המפקדים הצבאיים והם יכלו לאסור כל חייל או קצין בעוון "אנטי מהפכנות" או כל כפירה אידיאולוגית אחרת. הפלמ"ח, שיכולת העמידה של בריה"מ והצבא-האדום במלחמת העולם השנייה שימשה עבורו מופת צבאי, ולא פחות מכך –חינוכי, אימץ את המונח 'פוליטרוק' ככינוי לקצין התרבות החטיבתי. אך כאן נסתיים החיקוי – קצין התרבות של הפלמ"ח היה כפוף למפקד הצבאי ואחראי לתחום מצומצם יותר, מה גם שהחינוך האידיאולוגי בפלמ"ח לא אופיין בטוטאליטריות של הצבא-האדום.
אשר רוזנטל, התגייס לפלמ"ח בניגוד להחלטת הקבוצה. באוקטובר 1948 כתב יודקה ביומן המשק: "במעט המקרים אשר נפגשתי איתו שמעתי איך מדברים עליו ואליו ואיזו אהבה רוחשים לו. בפגישותיי איתו הביע לי תמיד את שביעות רצונו. הדאיג אותו דבר אחד: אופן הליכתו מגבת. כמעט שחשש לבוא לגבת. הרגיש, שבהתגייסותו בניגוד להחלטת המשק היה משהו לא נכון, ותמיד השתדל להסביר לי כי לא יכול היה אחרת, -- על השאלה 'אולי חסר לך משהו', היתה תמיד התשובה: 'שום דבר לא חסר לי. אני מבסוט.' -- וכך באמת היה: אדם עצום!"
אשר, בן רחל וברוך-יעקב, נולד ב-1922 בעיר לוניניץ, ליד פינסק. הוא גדל בבית אמיד וסיים בית-ספר תיכון פולני. במלחמת-העולם השנייה נתגלגל לרוסיה והגיע לערבות אוזבקיסטן, שם עבד בכל מיני עבודות בעיר ובכפר. אחרי הסכם סטאלין-שיקורסקי הצטרף לצבא הפולני, והגיע איתו ארצה בשנת 1943 ו"ערק" ממנו מיד בשנותו את שם משפחתו מקרוגלי לרוזנטל. אשר התקבל כחבר בגבת, ושירת בנוטרות והצטרף ל"הגנה".
לאחר מכן החליט אשר להתגייס לצבא הבריטי. הוא עבר לבריגדה היהודית, ועימה הגיע לאיטליה, לבלגיה ולהולנד. פעל שם למען הפליטים היהודים ושם נודע לו גם כי משפחתו הושמדה.
עם תום המלחמה והשירות בצבא הבריטי, חזר לעבוד במשק. בעקבות הפצרותיה המרובות של דודתו העשירה בארצות-הברית שיבוא להשתקע שם, כשריד יחיד מהמשפחה הגדולה, הסכים לבסוף לנסוע אליה לביקור בלבד.
משפרצה מלחמת-השחרור דחה את הפצרות קרוביו להישאר באמריקה וחזר ארצה באונייה "מארין קארפ". האונייה עגנה בנמל ביירות ואשר נלקח עם יתר הנוסעים מהאונייה לשבי בלבנון. אחרי חודשיים הוחזר לניו יורק ומהנמל חזר ישר לארץ. "המולדת מחכה לי. החסרתי הרבה מאוד ואני חייב להזדרז," אמר לחברו. מיד עם בואו התגייס ושירת בחטיבת "יפתח" ובשורותיה לחם בנגב. נפל בקרב באזור רוחמה ב-7.10.1948. נקבר במשמר הנגב. ברבות הימים הועבר למנוחת-עולמים בבית-הקברות בגבת.
הבסיס של חברי "יפתח" היה כל הזמן בגבת, אבל הם היו שם זמן מועט מאז שהחלו הפעולות. חלק גר בגבת בצריף שהיה מונח על חביות ונקרא "הבוידם".
כל הזמן המשיכו חברי "יפתח" לחשוב על עליה להתיישבות לאחר המלחמה. מכל תקיפה וקרב היו חוזרים עם שלל של כבשים, עגלות ואף חמור, כדי שעם העלייה להתיישבות יהיה מוכן כבר "משק". הם יצאו לבלום את הצבא הלבנוני במלכיה. הקרב על מלכיה היה קרב קשה. מההתפוצצויות הרימונים נגרמו מאה ועשרים נפגעים. ניתנה פקודה לסגת והיה צריך לסגת ולסחוב את הפצועים וההרוגים ממלכיה ועד לגבעות שליד רמות נפתלי בתנאים קשים. הלוחמים ירדו עם פצועים דרך הואדי שמעל שדה אליעזר אל הכביש הראשי למטה במטרה להביא את הפצועים לבתי החולים. על הכביש נסעו מכוניות ומשאיות, וניסו לעצור אותם, אבל הם לא עצרו, אז מישהו ירה בגלגלי משאית אחת שנאלצה לעצור והנהג הסכים לקחת את הפצועים. מלכיה נכבשה רק בפעם השנייה, כאשר שיירה נכנסה בטעות לשטח לבנון והגיעה למלכיה בהפתעה ממערב. הלבנונים המופתעים נסו לכל עבר.
משם ירדו החבר'ה לנגב לקרבות על משטרת עיראק אל סוידאן ומנשיה. שלוש התקפות לכבוש את המשטרה נכשלו. גם בקרב הגדול על כיס פלוג'ה לא הלך. המצב הסתבך כי האוייב כבר היה צבא סדיר. הם ספגו התקפה של מטוסי ספיטפייר מצריים. בהפוגה החזירו אותם לסרפנד.
אחר נלחמו בלוד, רמלה ולטרון. החטיבה בפיקודו של מולה כהן מילאה אחר החלטה לגרש את הערבים מהשטח לכיוון מזרח כדי שיתפסו את הדרך לבית חורון ויחסמו את דרכו של הלגיון הערבי שהיה מצויד טוב בתותחי טו פאונדר עם פגז רציני ונע על הכביש לתקיפת ישראל. לא היה להם נוח לראות את התמונות של שיירות הפליטים, אבל זה היה כורח המציאות. המראות הקשים הזכירו ליודקה הלמן, קצין התרבות של חטיבת "יפתח", את המראות אותם ראה בהיותו שליח תנועת "החלוץ" בפולניה ב-1939, כשהגרמנים גירשו אנשים מהערים.
מיד לאחר כך המון ערבי התפרץ לקיבוץ גזר. דן לנר התלבט אם להיכנס לגזר מאחר וחשב שזוהי רק פעולת הסחה ולכן החליט להישאר באל קובב ולהמתין להתקפה של הלגיון. כאשר נוכח שהלגיון לא בא חזרו בג'יפ לגזר ומצאו בקיבוץ כמה חברים הרוגים. זה המחיש ללוחמים מה קורה כשערבים כובשים קיבוץ.
 
גם מהקרבות בנגב יצאו החבר'ה ברכוש. יום אחד נסע עמוס הרפז במשאית לתחנת הניסיונות של הבריטים בלוד. בתחנה היתה באר עם משאבת ליסטר. הוא העמיס על המשאית את המשאבה ונסע בכביש המחבר את רמלה לצומת בילו היישר לגבעת ברנר. הליסטר הזה היה הגנרטור הראשון במשק יפתח. גם את הטרקטור 2D הביאו מלוד לגבעת ברנר והם הוסתרו במתבן. עד כמה שהיו עסוקים במלחמה כל הזמן חשבו איך ומה להביא אחרי המלחמה למשק.
לחופשה הראשונה יצאו חברי ההכשרה אחרי 9 חדשים. הם הגיעו לתל-אביב בערב היישר לברוקלין-בר לאכול גלידה ואחר כך נסעו לקפה פילץ. נכנסו לקפה לבושים בשינלים צרפתיים ארוכים. בקפה ישבו ורקדו אנשים כאילו אין מלחמה בעולם. זה יצר אצלם הרגשת עליונות יחד עם זה רתחו מכעס. אף אחד מהם לא הרגיש במה שעשה "ציונות" ולא חש כגיבורי האומה.
בסיומה של מלחמת העצמאות חזרו חברי הפלמ"ח לבסיסם בגבת, לקראת עלייתם להתיישבות בגבול הצפון. בעלון המשק, באוגוסט 1948 כתוב: "שאו ברכה, חברי הפלמ"ח! לאחר חרדתנו לשלומכם בימות הקרבות, אנו שמחים לראותכם באים אלינו בריאים, עליזים ורעננים. עם צאתכם להתיישבות בגליל העליון תלווינה את צעדיכם ברכותיה הנאמנות של גבת כולה. תחזקנה ידיכם!"
יוסף פינסקי המשיך להילחם עד סוף המלחמה. ב-21.11.48
 
 הוא כתב לאימו: "שלום אמא יקרה. אנו נמצאים בנגב. מעל גגות הכפר הערבי שכבשנו, אפשר לראות כפר הרוס מכפרי גוש עציון. מובן שצר מאד על שנאלצנו מכוח הפקודה להפסיק את ההתקדמות. ההסתערות החלה. עברנו בטיסה על פני עמדות האוייב וחפירות ההגנה. עברנו על פני תותח שהוצב נגדנו ובין שורות הבתים של העיר לוד, אשר מכל חלון יכול היה אי-מי לירות אלינו את כדור המוות כשאנו יושבים על הג'יפים ללא שריון כלשהו. בלהט ההסתערות השארנו את לוד מאחורינו המשכנו לרמלה ופרצנו את חומת ההגנה שלה. היישוב צהל ושמח על כיבוש לוד ורמלה ועל הניצחון בחזית זו, אך אנו מחוללי אותם ניצחונות התאבלנו על חברינו – אורי נחושתן."
 
צֶבִי שהם גוייס עם פרוץ הקרבות והשתייך לגדוד 9 של חטיבת הנגב. הגיע עד עין חוצוב.
לאחר מלחמת השחרור עלתה קרנו של סטאלין בשמאל הארצישראלי: אחרי הכל הוא היה המנהיג היחיד שהסכים לקבל לתחומי מדינתו כל פליט יהודי שהצליח להימלט מציפורני הגרמנים. מה שצ'רצ'יל ורוזבלט לא הסכימו. בנוסף סטאלין היה היחיד שתמך בהקמת מדינת היהודים וסיפק לה נשק בשעותיה הקשות ביותר. בעת שאמריקה הטילה עליה אמברגו.
 
בחודש יוני 1948 כשנדם הירי בסביבת לג'ון (מגידו)-ג'נין, והוסכם על ההפוגה הראשונה, נמצאו שטחי קרקע גדולים שננטשו על-ידי הערבים. היצר הפלחי לעבד את האדמות הללו התעורר. אברהם קרמראז'-כנעני פנה ביוזמתו לוועד הגוש, ששכן בנהלל, וביקש שיעמידו לרשותו טנדר עם נהג, כדי לסייר בשטחים הכבושים מידי הערבים, ולהציע תוכנית לעיבודם.
המפקדה האזורית של צה"ל, בכפר גדעון, הובילה אותו לשטחים הנטושים הניתנים לעיבוד, שבין עפולה וג'נין. והעמידה לרשותו צוות חיילים עם שני טנקים לאבטחה. הם יצאו לשטח של אדמות לג'ון. השטח הנטוש, שעמד לאחר קציר החיטה, השתרע לאורך כביש הסרגל, עד תחנת המשטרה בלג'ון (מגידו). נציגי הצבא אמרו: "הנה השטח לפניכם, תקבעו את גבולותיו."
השטח סומן: במערב כביש הסרגל במזרח – כביש יזרעאל עד הכפר מוקיבלה. בדרום – כביש לג'ון-ג'נין באורך שני קילומטר. אותר שטח של כשישים אלף דונם. מערבית לכביש הסרגל היו נטושות אדמות הכפרים חרבת-ליד עד מנסי ואבו-שושה על-ידי משמר העמק – גם שטח זה הגיע לשישים אלף דונם בקירוב. והיו גם שטחים נטושים צפונה לכביש חיפה-נצרת, מהכפרים מהלול, עילוט, והאדמות הגרמניות של ולדהים-בית לחם, ודרומה לכביש חיפה-עפולה אדמות הכפר אל מוג'דל – וגם שטחים אלה היו בשיעור של עשרות אלפי דונמים.
בשם ועד הגוש אברהם כינס את נציגי המשקים מהעמק המערבי והמזרחי, וסיפר להם מה ראה בסיור. שטחים גדולים הראויים לעיבוד חקלאי. הוצע לקיבוצי העמק המערבי לקבל על עצמם את עיבוד האדמות הנטושות, מערבית לכביש הסרגל ועל-יד כביש חיפה-נצרת-עפולה, כ-150 אלף דונם. לקיבוצי העמק המזרחי הוצע לעבד את שטחי לג'ון, והצטרפו אליהם גם חמישה משקים מעמק הירדן.
בעיבודים לקחו חלק הקיבוצים, מבית אלפא, עד שער העמקים, ויגור. נציגי המושבים הסתייגו מלקחת חלק בעיבוד השטחים, כולל המושבים שמכסת הקרקע שלהם היתה קטנה, כי באותה תקופה היה כדאי לעסוק בגידול עופות, והמושבים היו מרוכזים בבניית לולים גדולים. חלוקת השטחים בוצעה בעזרת מונה המרחקים של המכונית, וגלגליה סימנו את הקו למחרשה שבאה אחריה. במשך שנתיים נעשה מאמץ על-ידי המשקים, שבציוד שהיה בידיהם, ללא תוספת ציוד חדש, הצליחו להשתלט על עיבוד השטחים החדשים. האדמות קיבלו עיבוד נאות, למשקים היתה תוספת הכנסה, ולמדינה נפתרה בעייה. גם תוספת גרעיני חיטה היתה בבחינת סיוע בעיתו. בגבת הוכפל השטח המעובד. ל-5,000 דונם אדמת קבע, נוספו עוד 5,000 דונם אדמה.
החוויה של הגשמת חזון עצמאות ישראל, שאפפה את כולם ודחפה להיות בין כובשי קרקעות ישראל, עיבודם ויישובם – הבשילה באברהם את הרצון להקדיש עצמו לפעולה הזו במיוחד. הוא ראה בה מלאכת קודש, שיש להתמסר לה ולחזק באמצעותה את מדינת ישראל הצעירה.
לאחר הצלחת עיבוד האדמות הנטושות על-ידי מרבית קיבוצי עמק יזרעאל, התחדדה ההכרה שיש לחלק את הקרקעות לישובים הקיימים, להרחבת הפיתוח המשקי, וזאת בנוסף לצורך להקצות קרקעות לישובים חדשים. המחלקה להתיישבות של הסוכנות היהודית היא שעסקה בתכנון משבצות הקרקע של הישובים החדשים.
בשנת 1949 פנה אברהם ליוסף וייץ, שעמד בראש תכנון אדמות ישראל מטעם הקרן הקיימת לישראל והוענקה לו גם הסמכה של שר החקלאות במדינת ישראל הצעירה, והעלה בפניו את פרשת עיבוד האדמות הנטושות, שנעשתה באופן ישיר על ידי המשקים. וייץ הציע להקים ועדה של אנשי האזור – יהושע וידלר, שלמה רוזן ואברהם כנעני, שתציע תוכנית להגדלת משבצות הקרקע לכל ישובי העמק הוותיקים. את הקריטריונים לחלוקת האדמות היה לתאם עם מוסדות "המרכז החקלאי" והקק"ל. מחלקת ההתיישבות של הסוכנות בחיפה, העמידה צוות טכני עם מכשירי מדידה, ואלה מיפו את השטחים שברשות היישובים. עבודה זו הושלמה על-ידי מחלקת הקרקעות של הקק"ל.
בשנת 1950 בעקבות הצלחתו בחלוקת השטחים, התמנה אברהם למרכז החקלאי, כנציג "הקיבוץ המאוחד", ומאז עבודתו העיקרית היתה במחלקה להתיישבות של המרכז החקלאי. הוא לא עבד יותר את האדמה, הוא חילק אדמות.
לכל אורך חייו ניהל אברהם כנעני שיחות נפש עם נכדו. בזקנותו פרסם את מכתביו – אליו וממנו. אבל הנכד נטש את דרכם של החלוצים. הנכד – ספי רכלבסקי, פירסם ספר אחד נגד היהדות של הסבא רבא – הרב שמואל: "חמורו של משיח", וספר שני נגד כיבוש האדמה הערבית של סבא אברהם – "אין גבול". את הספר האחרון הקדיש ספי לסבא ולסבתא וכתב בהקדשה: "גם אם לא יהיה עולם, תהיה יהופיץ..."
הנכד האהוב – ספי, הפך להיות סרסור בורסה העוסק בסחורות עתידיות. עיסוק שסבתא חייצֶ'ה היתה מכנה בבוז: "לופט גישעפט" – עסקי אוויר. קויפן (לקנות) ופארקויפן (למכור). עסקי אוויר התאימו לטיפוס היהודי הגלותי ולא ל"אדם החדש הארצישראלי". דמות סרסור הבורסה מתאימה למנחם מנדל מיהופיץ (כך כינה שלום עליכם את קייב) ולא לדמות "החלוץ הארצישראלי" החדש. ההיסטוריה הפכה כיוון. סבא אברהם הפך מקרמראג' לכנעני. הנכד – ספי, חזר להיות קרמראג' (סוחר רוכל). הלא הרי גם מארקס אמר, ש"האלוהים של היהודי הוא הממון."